北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        石牛溪：恆春镇

        卡社溪

        万大溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        郡大溪

        丹大溪

        前溪

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        九棚溪：满州乡

        七里溪：枋山乡

        太麻里溪：太麻里乡

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        浊口溪

        溪仔口溪：满州乡

        旭海溪：牡丹乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        眉溪

        朝庸溪：大武乡

        龙溪：布袋镇

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        云林县

        港子溪：满州乡

        卑南溪：台东市

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        枋山溪：枋山乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        社皆坑溪：车城乡

        二林溪：芳苑乡

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        南势湖溪：枋山乡

        拉布拉溪：太麻里乡

        重溪

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        乾溪：牡丹乡

        屏东县

        鱼寮溪：大城乡

        朴子溪：东石乡

        大溪：牡丹乡

        四重溪：车城乡

        荖溪

        台东县

        内寮溪：枋寮乡

        南兴溪：大武乡

        鹿寮溪：满州乡

        大湖口溪

        达仁溪：达仁乡

        万丈深坑溪：满州乡

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        美溪

        鹿野溪

        菜寮溪

        埤日溪：满州乡

        狮子溪：枋山乡

        宝来溪

        台南市

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        彰化县

        急水溪：北门区

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        盐水溪：安南区、安平区

        社口溪

        志乐溪

        后堀溪

        猫罗溪

        隘寮溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        太平溪：台东市

        高雄市

        鹿耳门溪：安南区

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        南港溪

        无水溪：满州乡

        白水溪

        水里溪

        南仁鬱溪：满州乡

        清水溪

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        港口溪：满州乡

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        旧浊水溪：福兴乡

        刣牛溪：恆春镇

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        合欢溪

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        保力溪：车城乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        知本溪：太麻里乡、台东市

区

        枫港溪：枋山乡

        后港溪：芳苑乡

        加走寮溪

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        利嘉溪：台东市

        大武溪：大武乡

        南湖溪

        三叠溪

        曾文溪：七区、安南区

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        拉库音溪

        将军溪：北门区、将军区

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        后劲溪：楠梓区

        爱河：鼓山区、苓雅区

        旗山溪

        陈有兰溪

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        嘉义县

        牛挑湾溪：口湖乡

        前镇河：前镇区

        七溪：七区

        金崙溪：太麻里乡